Stasys Jakštys gimė 1895 m. balandžio 21 d. Ramoniškių k., Būblelių vlsč., Šakių aps. 1907 m. baigė pradžios mokyklą ir įstojo į Marijampolės gimnaziją, kuri I pasaulinio karo metu buvo evakuota į Jaroslavlį Rusijoje. Ten 1916 m. baigė gimnaziją ir nuo 1916 m. rugpjūčio 11 d. studijavo Petrogrado universitete.

1916 m. lapkričio mobilizuotas į Rusijos kariuomenę ir pasiųstas į Vladimiro karo mokyklą Petrograde.

1917 m. gegužės 1 d. ją baigęs gavo praporščiko laipsnį ir buvo išsiųstas į Austrijos ir Rumunijos frontą.

1918 m. spalio 7 d. Grįžo į Lietuvą, mokytojavo besikuriančioje Kudirkos Naumiesčio gimnazijoje.

1919 m. sausio 30 d. savanoriu įstojo į Lietuvos kariuomenę, paskirtas karininku į Inžinerijos batalioną.

1919 m. kovo 31 d. perkeltas į Aviacijos dalį ir paskirtas einančiu oro žvalgo pareigas. Kovojant su bolševikais,

1919 m. gegužės 28 d. buvo suformuotas aviacijos kovos būrys, kuris nuo birželio 13 d. perkeltas į Uteną. Šiame būryje iki lapkričio 2 d. vyr. ltn. S. Jakštys buvo oro žvalgas. Kovose su Lenkijos kariuomenės daliniais oro žvalgas vyr. ltn. S. Jakštys atliko 10 skridimų į frontą. Už pasižymėjimą lenkų fronte apdovanotas I rūšies 1-ojo laipsnio Vyčio Kryžiumi. Vienam pirmųjų Lietuvos karo aviacijoje suteiktas oro žvalgo vardas.

1921 m. gegužės 28 d. ruošiantis aviacijos šventei skrido lėktuvu „Albatros" C.I rikiuotėje prieš S. Stanaičio „Albatros" C.III ir pastarąjį nupūtė į suktuką.

1921 m. rugsėjo 3 d. suteiktas kapitono laipsnis.

1922 m. balandžio 10 d. Paleistas iš kariuomenės studijoms aukštojoje mokykloje užsienyje.

1927 m. spalio 31 d. Baigė Lježo politechnikos institutą ir įgijo inžinieriaus elektromechaniko specialybę.

Nuo 1928 m. dirbo Susisiekimo ministerijoje inžinieriumi.

1928 m. spalio 5 d. Vėl priimtas į karinę tarnybą ir paskirtas į Karo aviaciją inžinieriumi kontrolieriumi.

1934 m. liepos 10 d. už dalyvavimą voldemarininkų maište paleistas į atsargą. Dirbo inžinieriumi AB „Amlit".

1937 m. lapkričio 10 d. vėl priimtas į karinę tarnybą ir paskirtas į Karo aviaciją.

1938 m. - Technikos dalies inžinierius kontrolierius.

1938 m. lapkričio 23 d. suteiktas majoro laipsnis. Skraidymų stažą atlikdavo 2-ojoje eskadrilėje. Skraidė 329 val. Sovietų kariuomenei okupavus Lietuva, 1940 m. liepos 2 d. paskirtas Aviacijos dirbtuvių viršininku. Vėliau - ryšių karininku aerodromų statyboms. Likviduojant Lietuvos kariuomenę, 1940 m. lapkričio 1 d. paleistas į atsargą. Dirbo Elektros valdyboje.

1941 m. gegužės 3 d. NKVD suimtas ir kalintas Kauno SDK. Kilus Vokietijos ir SSRS karui iš kalėjimo išlaisvintas.

1941-1946 m. vėl dirbo Elektros valdyboje inžinieriumi.

1946 m. sausio 2 d. NKVD vėl suimtas ir Karo tribunolo tų pačių metų balandžio 18 d. nuteistas 10 metų lagerio ir 5 metus tremties. Kalintas Komijos ir Mordovijos lageriuose. Nuo 1955 m. gyveno tremtyje Krasnojarsko krašte.

1956 m. grįžo į Lietuvą ir iki 1962 m. dirbo Kauno elektros tinkluose ižinieriumi.

Mirė 1972 m. balandžio 14 d. Kaune, palaidotas Eigulių kapinėse.

Apdovanojimai:
1-os rūšies I laipsnio Vyčio Kryžius (1923 m.),
Vytauto Didžiojo 5 laipsnio ordinas (1933 m.),
Lietuvos kariuomenės kūrėjų savanorių medalis (1928 m.),
Latvijos išsivadavimo karo 10-čio medalis (1929 m.),
Garbės ženklas „Plieno Sparnai" (1932 m.).