Jonas Pyragius gimė 1901 m. gruodžio 29 dieną (dokumentuose nurodoma 1902 m. sausio 1 d. data) Biržų apskrities Daujėnų valsčiaus Baluškių kaime, gausioje ūkininkų šeimoje. Iki 1918 metų baigė Panevėžio "Saulės" gimnazijos penkias klases. Tik atkūrus nepriklausomą Lietuvos respubliką stojo jos gynybon:

1919.01.09 įstojo savanoriu į Lietuvos kariuomenę.

1919-1920 m. dalyvavo kautynėse prieš bolševikus, bermontininkus, lenkus.

1920 m. baigė Karo mokyklą Kaune.

1920-1924 m. tarnavo šarvuočių būryje, šarvuotame autodivizione, buvo l-mojo būrio vadu.

1921 m. baigė Aukštuosius karininkų kursus.

1924-1934 m. tarnavo Karo aviacijoje: mokomojoje, III, IV, I, V eskadrilėse.

1925.07.04 atliko pirmąjį savarankišką skridimą.

1926.12.17 aktyviai dalyvavo nuverčiant kairiųjų partijų vyriausybę.

1927 m. suteiktas I-mo rango karo lakūno vardas.

1932 m. pakeltas į majorus, paskirtas V-tos eskadrilės vadu.

1934.06.07 vienas iš bandymo sugrąžinti j valdžią prof. A.Voldemarą organizatorių. Perversmui nepavykus - suimtas, pažemintas į eilinius, paleistas iš kariuomenės.

1938 m. Prezidento aktu grąžintas majoro laipsnis.

Priklausė dešiniosios pakraipos politinėms organizacijoms - Lietuvos nacionalistų sąjūdžiui, Tautinei apsaugai "Geležinis vilkas".
Nuo tarnybos pradžios aktyviai sportavo, dalyvavo kuriant sporto organizacijas: 1924-1929 m. Lietuvos fizinio lavinimo sąjungos, Lietuvos sporto lygos, Kariuomenės sporto draugijos, Lietuvos Aero Klubo valdybų narys. 1931 m. pirmasis iš Lietuvos dalyvavo Monte Carlo automobilių lenktynėse (drauge su K. Martinkumi).
1934-1935 m. Nidos sklandymo mokyklos viršininkas. 1935 m. redagavo žurnalą "Lietuvos sparnai".

1935-1940m. Lietuvos Aero Klubo atstovas Tarptautinėje sklandymo komisijoje, dalyvavo konferencijose Berlyne (1936 m.), Miunchene (1937 m.), Berne (1938 m.).

1936-1939 m. -Lietuvos Aero Klubo generalinis sekretorius, vyriausias sklandymo instruktorius.

1937 m. su grupe Lietuvos sportininkų lankėsi JAV, pirmasis iš Lietuvos sklandytojų dalyvavo tarptautinėse varžybose (drauge su Br.Oškiniu).

1938 m. tapo I-mosios Tautinės olimpiados sklandymo čempionu.
Pasiekė šiuos Lietuvos sklandymo rekordus: 1934 m. išsilaikymo ore su sklandytuvu T-I (7 val. 2 min.) bei su sklandytuvu "Sakalas" (12 val. 35 min.).

1935 m. skridimo nuotolio su sklandytuvu "Sakalas- (Nida-Palanga, 75 km).

1936 m. išsilaikymo ore su sklandytuvu "Sakalas" (22 val. 36 min., tai buvo ketvirtas rezultatas pasaulyje).

1938 m. su sklandytuvu "Biržietis" skridimo nuotolio (Kaunas-Sakučiai, 170 km) ir pakilimo aukščio (2660 m).

Daug rašė tuometinėje periodinėje spaudoje "Mūsų žinyne", "Kary", "Lietuvos sparnuose"). Išleido knygeles "Sportiniai bėgimai" (1924 m.), "Ką kiekvienas turi žinoti apie priešlėktuvinę apsaugą" (1933 m.), "Priešlėktuvinė apsauga" (1935 m.), suredagavo knygas "Mūsų sparnai" (1929 m., skirta Karo aviacijos dešimtmečiui) ir "Paukščių keliais" (1933 m., skirta Lietuvos Aero Klubo penkmečiui), išvertė M.von Richthoffeno "Raudonasis lakūnas" (1926 m.).

1940 m. Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvą, nelegaliai pasitraukė į Vokietiją. Čia prasidėjo prieštaringiausias J.Pyragiaus gyvenimo laikotarpis. Berlyne dalyvavo Lietuvos aktyvistų fronto veikloje.

1941-1943 m. tarnavo Vermachte (abvere), turėjo zonder-fiurerio (K) laipsnį. Dirbo vertėju įvairių dalinių štabuose Dancige, Smolenske, Pskove. 1943-1944 m. Kaune ėjo generalinio tarėjo vidaus reikalams pavaduotojo pareigas, pasitraukęs iš Lietuvos 1944-1945 m. dirbo instruktoriumi vokiečių žvalgybos mokyklose Rytprūsiuose.
Pasibaigus karui atsidūrė Vokietijoje, Anglijos okupacinėje zonoje. 1947-1949 m. mokytojavo Gross Hessepe DP lietuvių stovyklos gimnazijoje. Nuo 1949 m. gyveno Australijoje, iki išėjimo į pensiją dirbo darbininku, vėliau tvarkė Adelaidės lietuvių namų muziejų, bendradarbiavo lietuviškoje spaudoje, retkarčiais sklandė, rašė atsiminimus.
Mirė 1975 m. spalio 20 d. Adelaidėje.

Apdovanojimai:
Lietuvai DLK Gedimino IV-to laipsnio ordinas,
Lietuvos nepriklausomybės 10-ties metų sukaktuvių jubiliejiniu medalis,
Kūrėjų savanorių medalis,
"Plieno sparnų" garbės ženklas.